Kortgene wurde schon im Jahr 1247 als Pfarrei erwähnt und bekam 1413 vom Jonkheer Philips van Borssele die Stadtrechten, durch einem heftigen Brand das ganze Städtchen in Flammen auf, einschließlich der gerade im Bau befindlichen neuen Kirche.
Am 5. November 1530 kam Sankt-Felix-Sturmflut und schluckte ganz Noord-Beveland, was 1532 nochmal geschah. Dabei wurde fast die gesamte Bebauung weggeschwemmt, nur die Kirchtürme von Kortgene und Wissenkerke blieben Stehen.
Mit dem Neubau von Noord-Beveland wurde im Jahr 1598 begonnen. 1684 wurde auch das Gebiet bei Kortgene wiederaufgebaut. Der alte Kirchenturm hatte offenbar 150 Jahre im Wasser überstanden und konnte wieder genutzt werden. Es wurde noch ein neues Krichenschiff an den alten Kirchturm angebaut.
Nach dem Wiederaufbau erhielt Kortgene als einziger Ort auf Noord-Beveland erneut Stadtrechte. Die Stadt Kortgene hatte jedoch keinen Sitz in der Seeländischen Provinzialstände-Versammlung („Staten van Zeeland“), daher lässt sich Kortgene auch als *1Titlularstadt bezeichnen.
Um 1930 herum begannen Diskussionen über eine Kommunale Neugestaltung. Im Jahr 1941 wurden Colijnsplaat, Kats und die Stadt Kortgene zur Gemeinde Kortgene zusammengeschlossen, die 1995 ihrerseits aufging in der seinerzeit neuentstandene Gemeinde Noord-Beveland aufgenommen wurde.
*1Titlularstadt = ist eine Gemeinde die eine Stadt beschrieben wird, wiederum fehlen manche Teile einer Stadt.